Nach der Zerstörung Japans durch den "Second Impact" kämpft der 14-jährige Shinji in Neo Tokyo 3 bei "NERV" gegen die mächtigen Engel. Mit den von Kindern gesteuerten Evangelions wehren er, Mari und ihre Mitstreiter die Angriffe ab – doch der drohende "Third Impact" bedroht die Menschheit existenziell.
