Shinji Ikari wacht 14 Jahre nach dem dritten Angriff auf einer zerstörten Erde wieder auf. Zudem hat sich die Organisation mit dem Namen NERV gegen ihn verschworen und seine Freundin Rei Ayanami steht ebenfalls nicht mehr auf seiner Seite. Er findet sich in einem Kreislauf zwischen Tod und Wiedergeburt wieder, und während die Erde sich Richtung Zerstörung bewegt, führt er seinen Kampf gegen die Engel weiter.
